Fundada el 1 de marzo de 1664. Su origen está unido al Capitán General de los Ejércitos de Extremadura, Francisco de Tutaville y de Tufo, Duque de San Germán, quien encargó la imagen a un amigo imaginero muy conocido afincado en Italia.
La imagen es bendecida el 1 de abril de 1664 por el obispo D. Fray Gerónimo Rodríguez de Valderas y desde su llegada, la Virgen alcanzó mucha devoción y popularidad, y el pueblo de Badajoz se volcó con Ella.
En el s. XVII y debido a la gran devoción que despertaba la Virgen, se realizaban varias misas diarias y salía a la calle todas las noches del año para rezar el Santo Rosario. Además, se le concedieron siete breves pontificados y el Papa Pío VI concedió a la Ermita el título de Altar Privilegiado en julio de 1789 y renovado posteriormente por el Papa Pío VII.
Durante la guerra de la Independencia en 1811, una bomba de los ejércitos napoleónicos, cayó dentro de la Ermita, provocando grandes destrozos, aunque se logran salvar las sagradas imágenes y los enseres.
A finales del s. XVIII la procesión de la Soledad se anunciaba como la cofradía de Nuestro Señor Amarrado a la Columna.
En la década de 1920 y debido al ruinoso estado de la Ermita, la procesión salió varios años desde la S.I. Catedral.
Es curioso, que en 1929 desfilara en la misma procesión el Cristo de la Espina en segundo lugar, tras el Amarrao a la columna y delante de la Virgen de la Soledad. El 7 de julio de 1935 las imágenes son trasladadas a su nueva Ermita.
Después de varias peticiones para su Coronación Canónica desde 1871, la Hermandad disfruta de uno de los acontecimientos más importante de su historia reciente, con la Coronación Canónica de la imagen de Ntra. Sra. de la Soledad el 8 de junio de 2013. El acto fue multitudinario, celebrado y acompañado por devotos de toda España.
En 2019 se presentó el nuevo misterio para el paso del Amarrao, uniéndose al Cristo las imágenes de un romano y un sayón, estrenado en 2022.
La Policía Nacional, con base en Badajoz, porta desde 2019 para rendir homenaje a los compañeros caídos en actos de servicios, al Santísimo Cristo del Perdón, un crucificado que se venera en la Ermita y de gran devoción.
La puerta de la Ermita es muy original, pues sus dos cristaleras, permiten ver a la Virgen desde la calle y hace que, a cualquier hora, los fieles se paren ante Ella para contemplarla y orar. Esto es una tradición muy antigua, pues hace siglos, incluso en la anterior Ermita, tenía una cristalera similar que permitía a las tropas que desfilaban en la Plaza de la Soledad rendirle pleitesía desde la calle.