La Cofradía se funda el 1 de diciembre de 1971 en la parroquia de San Fernando y Santa Isabel, en el barrio de San Fernando, “La Estación”, donde tiene actualmente su sede.

El barrio se asienta en la margen derecha del río Guadiana, en la orilla opuesta a la ciudad y que durante muchos años su única comunicación era a través del Puente de Palmas o más conocido por el “Puente Viejo”, construido en 1460. En esta zona se levanta la colina de Orinaza, frente al Cerro de la Muela.

La primera iglesia que da culto a San Fernando data sus inicios en 1866 y tras quedarse pequeña para el desarrollo de los cultos se decide levantar una nueva en los años 60.

Conocida como la Hermandad “de los Ferroviarios”, hace en 1973 su primera salida procesional, recogiendo desde un primer momento la devoción de todo el barrio, lo cual ha hecho que, a lo largo de los años, esta Cofradía se haya convertido en una de las más pujantes de los últimos tiempos, haciéndose un hueco importante en la Semana Santa pacense.

En un principio, la Cofradía hacía estación de penitencia en la noche del Viernes Santo.

Sus estatutos fueron aprobados en 1972, en los que destacaba el hecho de salir todos los años a pesar de las inclemencias del tiempo, hecho recogido por el carácter puramente penitencial de la Cofradía, y que ha dado más de un disgusto al haber tenido que soportar algún aguacero, con el consiguiente deterioro de los enseres.

En 2003, con la incorporación de la titular Mariana y la reforma de sus estatutos, esta característica es eliminada por el riesgo que conllevaba para el valor de los enseres e imágenes el deterioro causado por la lluvia.

En 1973 se nombra Hermano Mayor Honorífico de la Cofradía al Coronel del Ejército del Aire de la base de Talavera la Real de Badajoz, cuerpo que durante muchos años acudió a la procesión con su banda y aún los acompaña cada año el Coronel de la Base y una escolta del Ejército del Aire.

En 1999 recibe el título de Hermandad Sacramental de la ciudad de Badajoz, teniendo desde entonces entre sus fines, cultivar como objeto básico, la devoción y adoración hacia el Santísimo Sacramento.

Desde el año 2003 cuenta con un segundo titular, María Santísima de la Misericordia, y estrena su actual denominación, al que se le añade el nombre de la Virgen.

La primitiva talla de la Titular fue sustituida en 2016 por una nueva imagen de candelero.

La incorporación de la Virgen coincide con la renuncia del Arzobispo Antonio Montero Moreno y su paso a Emérito. Por este motivo, una de las últimas decisiones del Arzobispo fue ceder su escudo de armas para que represente y sea utilizado por María Santísima de la Misericordia.

En el año 2016 la hermandad retoma un antiguo proyecto y comienza los trabajos para realizar el paso de misterio del Santo Calvario.

Este pasaje se compone de la imagen del Stmo. Cristo de la Angustia y María Santísima de la Misericordia, y se espera incorporar como mínimo la imagen de San Juan Evangelista.

También ha recuperado para la Semana Santa pacense la celebración del Sermón de las Siete Palabras, en las que se recuerdan las últimas palabras pronunciadas por Cristo en la Cruz. Esta celebración tenía en un principio lugar en un vistoso y entrañable acto junto a la Puerta de Palmas, que se engalanaba a tal efecto a su paso. En los últimos años, se realiza en un acto más sencillo, pero igual de emotivo, ante la puerta de la Ermita de la Soledad.

Es de señalar y por la importancia que tiene el acto para el barrio, cómo en la mañana del Martes Santo un inmenso número de devotos y vecinos hacen ofrenda floral de claveles rojos para el paso. La cofradía contó hasta en dos ocasiones con Banda de cornetas y tambores propia, pero fue disuelta en el año 2000.