Esta Cofradía fue erigida en 1773 en torno a la reliquia de la «Santa Espina» que se venera en el Convento de las Clarisas Descalzas. Las fuentes de este dato vienen comprobadas por un Breve Apostólico de carácter permanente dado en Roma el 8 de mayo de 1774 por su Santidad el Papa Clemente XIV. En la misma fecha se concedió a la imagen del Cristo de la Espina el privilegio de la Santa Bula para el pueblo de Badajoz.
En 1870 con la desamortización se produce la expulsión de las monjas Clarisas Descalzas de su Convento, refugiándose en el Real Monasterio de Santa Ana. Este hecho provoca la desaparición de la Cofradía.
En el año 1939 se refunda la Hermandad por un grupo de señoras, siendo en aquella época su presidenta Dª. Margarita Navarrete y, la Camarera Mayor Dª. María Luisa Romero, como auténticas artífices de la Cofradía y protagonistas de su engrandecimiento. La cofradía hace su primera salida procesional el Jueves Santo a las 23h. En la Semana Santa del 1942, cambia de día de salida al Martes Santo.
En 1941, D. Cecilio García Meneses cambiaría el pelo natural de Ntro. Padre Jesús de la Espina, por una cabellera tallada.